Gustavo Henrique comenzó su carrera en el Santos FC, con quien debutó en la Serie A brasileña en la temporada 2011/12. Siguió creciendo y acumulando partidos hasta llegar a los 215, en los que anotó 13 goles. En la 2019/20 fichó por el CR Flamengo, con quien conquistó diferentes títulos, y en la 2022/23 jugó cedido en el Fenerbahçe SK y tuvo 23 participaciones repartidas entre la Süper Lig turca, la Europa League y la Copa de Turquía -competición que ganó-.