Joaquín Fernández creció futbolísticamente en las categorías base del Almería, equipo de su ciudad natal. Tras debutar en Segunda B con 17 años, a los 20 ya era un fijo del primer equipo almeriense llegando a disputar 36 partidos en Segunda la temporada 16-17. De manera paralela, el jugador alcanzó la Selección sub16, sub17 y sub18. En el verano de 2018 ficha por el Real Valladolid y debuta en Primera, logrando incluso un gol. Alternando su posición entre defensa central y mediocentro defensivo, el almeriense jugó en la 19-20 veinte partidos de LaLiga (1.660 minutos) y sumó dos goles más en su cuenta, uno de ellos ante el Alavés en una victoria 1-0 que supuso virtualmente la salvación. En la 20-21 añadió otros 25 partidos ligueros a su experiencia, y en la 21-22 fueron más de 2.000 minutos en 26 duelos.